Nach dem Schulbesuch in Bad Harzburg bei Goslar von 1911 bis 1923 und dem Abitur begann Krausnick im Sommersemester 1923 ein Studium der Staatswissenschaften an der Universität Breslau, wechselte aber bald zum Fach Geschichtswissenschaft. Nach einem Sommersemester 1924 in Heidelberg ging er an die Universität Berlin. Wirtschaftliche Nöte zwangen ihn 1931 zur Unterbrechung des Studiums. Im November 1931 stellte er einen Antrag auf Aufnahme in die NSDAP; der Eintritt erfolgte offiziell zum 1. Januar 1932. In diesem Jahr war Krausnick als Propagandaleiter der Ortsgruppe Berlin-Grünau tätig; nach 1933 nahm Krausnick aber offenbar eine passive politische Haltung an.

In Berlin studierte Krausnick v. a. bei Albert Brackmann (1871–1952), Otto Hoetzsch (1876–1946), Erich Marcks (1861–1938), Friedrich Meinecke (1862–1954), Hermann Oncken (1869–1945) und Fritz Hartung (1883–1967). Letzterer wurde zu seinem Mentor, als Krausnick sein Studium 1936 wieder aufnahm. Wie die meisten seiner Lehrer konzentrierte er sich auf die Weltkriegsforschung, v. a. auf die Vorgeschichte des Krieges. Auf Anregung von Otto Becker (1885–1955) recherchierte Krausnick mehrere Monate im Wiener Haus-, Hof- und Staatsarchiv für ein Thema der österreichischen Außenpolitik, aus dem aufgrund überraschender Aktenfunde seine Dissertation „Holsteins Geheimpolitik in der Ära Bismarck 1886–1890“ erwuchs, mit der Krausnick 1941 bei Hartung in Berlin zum Dr. phil. promoviert wurde.

Im Oktober 1938 wurde Krausnick Mitarbeiter der von Brackmann geleiteten Zentralstelle für Nachkriegsgeschichte in Berlin, die der preußischen Archivverwaltung angegliedert war. Von November 1940 bis Ende 1942 an die Aktenkommission des Auswärtigen Amts abgeordnet, wertete er Dokumente des französischen Außenministeriums aus. Zurück in der Zentralstelle, lernte er hier seinen späteren Vorgesetzten Paul Kluke (1908–1990) näher kennen. Im September 1944 wurde Krausnick zur Wehrmacht eingezogen, diente bei den Fallschirmjägern im Osten und dann in Italien, wo er im Mai 1945 in Gefangenschaft geriet, aus der er im August entlassen wurde.

Nach prekären Jahren u. a. als Privatlehrer und freier Mitarbeiter am Internationalen Schulbuchinstitut in Braunschweig begann Krausnick Ende 1951 für das Deutsche Institut für Geschichte der nationalsozialistischen Zeit in München zu arbeiten, in das er im April 1952 als wissenschaftlicher Mitarbeiter eintrat und das kurz darauf in Institut für Zeitgeschichte (IfZ) umbenannt wurde. Nach dem Unfalltod des Generalsekretärs Hermann Mau (1913–1952) übernahm Krausnick Ende Oktober 1952 die kommissarische Leitung des Hauses; die dauerhafte Nachfolge scheiterte zunächst an seiner bekannten NSDAP-Mitgliedschaft. Stattdessen trat Kluke 1953 an die Institutsspitze. Nach dessen Ausscheiden wurde Krausnick 1959 doch Generalsekretär, bevor diese Stelle 1961 in Direktor umbenannt wurde. Zugleich wirkte er von 1953 bis 1972 als Schriftleiter der institutseigenen „Vierteljahrshefte für Zeitgeschichte“, seit 1973 mit Hans Rothfels (1891–1976) und Theodor Eschenburg (1904–1999) als deren Herausgeber.

Krausnick zählte zu den führenden Persönlichkeiten der Zeitgeschichtsforschung der frühen Bundesrepublik. Sein zentrales Verdienst liegt im Ausbau des IfZ zu einer führenden historischen Forschungseinrichtung. Sichtbaren Ausdruck fand diese Entwicklung im Umzug des Instituts in das neue Gebäude in der Münchner Leonrodstraße im März 1972, wenige Monate vor Krausnicks Eintritt in den Ruhestand.

Hatte sich Krausnick zunächst v. a. mit der Bismarck-Ära befasst, so bildeten sich nach 1945 der Widerstand gegen Adolf Hitler (1889–1945) und den Nationalsozialismus sowie die Geschichte der Judenverfolgung als Schwerpunkte heraus. Erwähnenswert sind besonders die von Mau begonnene „Deutsche Geschichte der jüngsten Vergangenheit“, die Krausnick zu Ende führte und die als erste deutsche Gesamtdarstellung der NS-Zeit lange als Standardwerk galt, sowie die Edition der Tagebücher des Abwehroffiziers Helmuth Groscurth (1898–1943) zum militärischen Widerstand. Höhepunkt und Abschluss seiner Forschungstätigkeit bildete das mit seinem Schüler Hans-Heinrich Wilhelm (geb. 1944) verfasste Werk „Die Truppe des Weltanschauungskrieges“ (1981). Die Studie rekonstruierte die Verbrechen der Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdiensts (SD) im besetzten Osten. Sie machte die Dimension des nationalsozialistischen Völkermords in einer bis dahin nicht erreichten Schärfe sichtbar und entzog der lange tradierten Vorstellung die Grundlage, die Wehrmacht habe von den Mordaktionen nichts gewusst und an ihnen keinen Anteil gehabt. Damit gab Krausnick entscheidende Impulse für die Forschungen zum Holocaust und NS-Besatzungsregime. Eine Schule bildete Krausnick allerdings nicht.

Krausnick trug wesentlich dazu bei, die Erträge der zeithistorischen Forschung einer breiteren Öffentlichkeit zu vermitteln, u. a. durch zahlreiche Medienbeiträge und seine Gutachtertätigkeit vor Gericht, besonders im Ulmer Einsatzgruppenprozess 1958 und im Frankfurter Auschwitzprozess 1964, aber auch durch sein Engagement in der politischen Bildungsarbeit: Seit 1960 gehörte er der Kommission zur Beratung der Bundesregierung in Fragen der politischen Bildung an.