Horten begann nach dem Abitur 1929 eine Lehre im Warenhaus Tietz in Düsseldorf, dem bedeutendsten der Region. Anschließend nahm er 1932 eine Stellung im Kaufhaus Michel als Verkäufer für Herrenmode an und wurde 1934 Abteilungsleiter. 1936 schied Horten aus diesem Kaufhaus aus und wurde unter Vermittlung von Wilhelm Reinold (1895–1979), Leiter der Filiale Duisburg der Commerz- und Privatbank, alleinhaftender Gesellschafter und, neben zwei weiteren Kommanditisten, mit einem Anteil von 16,7 % Beteiligter und Geschäftsführer der neu gegründeten Helmut Horten KG, die das Kaufhaus Gebrüder Alsberg OHG in Duisburg von den jüdischen Inhabern Ernst, Kurt und der im KZ Treblinka ermordeten Amalie (1870–1942) Lauter sowie Hermann Strauß übernahm. 1938 kaufte Horten persönlich die an die Helmut Horten KG vermieteten Immobilien und Grundstücke aus dem Besitz der Familie Lauter, die er wieder an seine Firma vermietete, außerdem das Privathaus der Familie Lauter, jeweils zu den aufgrund der zahlreichen Zwangsverkäufe von Immobilien aus jüdischem Besitz erniedrigten Preisen.

Horten beteiligte sich 1936 federführend an der „Arisierung“ des jüdischen Kaufhauses Hess in Wattenscheid und der damit verbundenen dortigen Gründung der Helmut Horten GmbH, deren faktischer Alleininhaber (90 % des Kapitals der GmbH entfielen auf ihn) er war; der jüdische Vorbesitzer Sally Hess (1879–1958) blieb bis Oktober 1937 umsatzbeteiligt. Horten erwarb daneben 1938 Anteile bei Übernahmen von Kaufhäusern in Gevelsberg und Bielefeld. 1937 wurde er Mitglied der NSDAP. 1938 kaufte er mit Reinold das Kaufhaus Alexander und Echternach OHG in Königsberg (Ostpreußen, heute Kaliningrad, Russland). Es folgten Beteiligungen an „arisierten“ Kaufhäusern in Marienburg und Marienwerder (beides Westpreußen, heute Woiwodschaft Pommern, Polen). Horten betrieb die Suche nach geeigneten Geschäftsübernahmen, die sich nicht nur auf Kauf- und Warenhäuser aus jüdischem Vorbesitz erstreckte: 1943 übernahm er mit Reinold die Mehrheit an der Flugzeugwerk Johannisthal GmbH in Berlin, die während des Zweiten Weltkriegs Zwangsarbeiter einsetzte, deren Zahl sich unter Hortens Besitzanteil steigerte. Von Horten angestrebte Beteiligungen an zwei Kaufhäusern in Amsterdam (Gerzons Modemagazijnen) und Olmütz scheiterten: In Amsterdam an organisatorischen Problemen, in Olmütz an der Bevorzugung regionaler Käufer durch die Behörden. Hortens Duisburger Kaufhaus diente von 1940 bis 1945, auch nach der Zerstörung des Haupthauses 1943, als Verteilzentrum für Textilien für ausgebombte Personen, wobei er von den staatlich garantierten Preisen für Kleidermarken profitierte.

Nach dem Zweiten Weltkrieg waren die Unternehmen Hortens in Ost- und Westpreußen und Berlin durch Besatzung und Enteignung verloren, das Kaufhaus in Duisburg war zerstört, das Wattenscheider Haus konnte mit Einschränkungen weiter betrieben werden. Die Helmut Horten KG wurde von den alliierten Untersuchungsbehörden mit einer Vermögenssperre belegt; Hintergrund waren Anträge auf Wiedergutmachungsleistungen durch die Vorbesitzer des Duisburger Kaufhauses. 1946 wurde Horten von der britischen Field Security Section verhaftet und im Gefangenenlager Recklinghausen interniert. Seine Entlassung erzwang er im April 1948 mit einem Hungerstreik. Trotz Verdachtsmomenten der alliierten Untersuchungsbehörden kam es zu keiner Anklage. Vor dem Entnazifizierungshauptausschuss in Duisburg musste sich Horten verantworten und wurde als „unbelastet“ freigesprochen.

Bereits wenige Wochen nach seiner Haftentlassung im April 1948 forcierte Horten die Neugründung eines Kaufhauses in Duisburg, das Anfang Dezember 1948 eröffnete. Mit den ehemaligen Inhabern der jüdischen Geschäfte in Duisburg und Wattenscheid einigte Horten sich außergerichtlich auf Wiedergutmachungsleistungen: Die Familie Lauter und Hermann Strauß erhielten eine Gesamtleistung von 950 000 D-Mark, Strauß erhielt das Wattenscheider Haus zurück, das fortan von Horten gemietet wurde. Für Beteiligungen außerhalb des Territoriums der Bundesrepublik musste er keine Wiedergutmachung leisten. 1952 schied der letzte Kommanditist aus der Helmut Horten KG aus, und Horten wurde alleiniger Inhaber.

1953 kaufte Horten die Merkur AG von Salman Schocken (1877–1959), die rund 20 Kaufhäuser in Westdeutschland betrieb. 1954 kamen durch den Kauf der DeFaKa-Kaufhäuser der Emil Köster AG von Jakob Michael (1894–1979) weitere rund 20 Kaufhäuser hinzu. Mit diesen wegen hoher Kreditaufnahmen wirtschaftlich riskanten Übernahmen wurde Hortens Unternehmen zum viertgrößten Warenhauskonzern der Bundesrepublik, hinter Karstadt, Kaufhof und Hertie. Die unterschiedlichen Unternehmenszweige wurden seit 1955 in der neu gegründeten Helmut Horten GmbH gebündelt. Über ein komplexes System aus beteiligten und untergeordneten Unternehmen, die untereinander in Geschäftsbeziehungen standen und meist in Hortens persönlichem Mehrheits- oder Vollbesitz waren, wurde Steuervermeidung betrieben. Mitte der 1960er Jahre überschritt der Konzern die Grenze von einer Milliarde D-Mark Umsatz pro Jahr.

1968 begann durch die Umwandlung der Helmut Horten GmbH in die Horten AG der Rückzug des Gründers aus dem operativen Geschäft. Durch den Verkauf von 25 % der Aktien, verbunden mit einer hohen Bonuszahlung, flossen Horten rund 850 Millionen D-Mark zu. Um diese steuerlich günstig beziehen zu können, übersiedelte er mit seiner Ehefrau im Dezember 1968 nach Croglio (Kanton Tessin). Bis 1971 trennte sich Horten schrittweise von allen Aktienpaketen an seinem ehemaligen Unternehmen. Der Umzug in die Schweiz rief ein stark negatives Medienecho in der Bundesrepublik hervor und war Ausgangspunkt für einen langen Konflikt mit den deutschen Finanzbehörden, der 1972 in die Verabschiedung des Außensteuergesetzes, auch „Lex Horten“ genannt, mündete und dem Fiskus ermöglichte, auch das Vermögen von ausgewanderten Bundesbürgern für eine bestimmte Zeit weiter zu besteuern.

Horten unterstützte die FDP mit Spenden und unterhielt eine Freundschaft zu Franz-Josef Strauß (1915–1988). Sein großes Vermögen vermachte er seiner Frau und verfügte, dass dieses nach ihrem Tod überwiegend der von ihm 1971 zum Zweck der Förderung von medizinischer Forschung und Wissenschaft gegründeten Villalta-Stiftung, 1987 umbenannt in Helmut Horten Stiftung, zufließen sollte. Die Horten AG wurde 1994 durch die Kaufhof Warenhaus AG übernommen, der Name Horten 2004 vollständig aus dem Firmennamen entfernt.