Marcus wuchs in einer assimilierten deutsch-jüdischen Industriellenfamilie in Posen auf. Nach Abschluss des Gymnasiums 1898 übersiedelte er nach Berlin und absolvierte hier eine kaufmännische Ausbildung mit dem Ziel, später in dem familieneigenen holzverarbeitenden Betrieb zu arbeiten. In Berlin schloss er sich Magnus Hirschfelds (1868–1935) „Wissenschaftlich-humanitärem Komitee“ an, der ersten Organisation weltweit, die sich für die Rechte von Homosexuellen einsetzte. 1900 erschien seine erste homoerotische Novelle „Das Frühlingsglück. Die Geschichte einer ersten Liebe“. In dieser Zeit trat er in brieflichen Kontakt zu Thomas Mann (1875–1955). Während seines Philosophiestudiums in Berlin 1903 bis 1906 freundete sich Marcus mit Kurt Hiller (1885–1972) an, einem weiteren Aktivisten mit jüdischem Hintergrund, der für die Rechte Homosexueller eintrat. Zu seinen akademischen Lehrern gehörte neben Friedrich Paulsen (1846–1908) und Wilhelm Dilthey (1833–1911) Georg Simmel (1858–1918), der eine führende Rolle in der linken, pazifistischen, feministischen und homosexuellen Bewegung spielte. Beeinflusst wurde Marcus auch von dem Kreis um den Dichter und „Propheten“ Stefan George (1868–1933), in den ihn Simmel oder Marcus’ Cousin Ernst Kantorowicz (1895–1963) einführten.

Zwischen 1904 und 1914 legte Marcus einer Reihe philosophischer Schriften vor, u. a. sein bedeutendstes Werk „Die Philosophie des Monopluralismus. Grundzüge einer analytischen Naturphilosophie“ (1907), mit dem er den Begriff „Monopluralismus“ als Zusammensetzung der Begriffe „Monismus“ und „Pluralismus“ prägte: Marcus argumentierte, dass alle Dinge auf der Welt durch das Zusammenspiel von Einheit und Vielfalt vereint werden und eine Einheit bilden, eine Einheit der Vielheiten, die sich aufeinander beziehen. Dieses Thema führte er in späteren Veröffentlichungen fort. Seit 1913 war er Redaktionsmitglied der Zeitschrift „Gegenwart“ und schrieb für sie und andere liberale Organe zahlreiche Artikel zu philosophischen Themen. Zudem veröffentlichte er kurze Beiträge in avantgardistischen Literaturzeitungen wie „Das Junge Deutschland“ und „der Feuerreiter“.

Während des Ersten Weltkriegs arbeitete Marcus mit Hiller in dessen pazifistischer Organisation „Aktivistenbund“ zusammen und war Mitarbeiter von dessen pazifistisch-sozialistischer Zeitschrift „Das Ziel. Jahrbuch für geistige Politik“. 1915 zum Kriegsdienst verpflichtet, wurde Marcus in einem Lazarett in Berlin eingesetzt und publizierte seine zweite homoerotische Novelle „Das Tor dröhnt zu“ (1915). Infolge des Kriegs verlor seine Familie einen Großteil ihres Vermögens und den Firmensitz in Posen, was Marcus den geplanten Einstieg in das väterliche Geschäft unmöglich machte. Er wandte sich dem Islam zu, den er als universelle Bruderschaft verstand, die Männer aller Nationen und Ethnien vereinte und homosoziale Bindungen tolerierte. Um seine Familie finanziell zu unterstützen, nahm er 1920 in Berlin eine Tätigkeit als Betreuer für junge muslimische Männer aus der Mission der Ahmadi-Bewegung zur Verbreitung des Islam an. 1923 engagierte ihn der Ahmadi-Imam Sadr-ud-Din (gest. 1981) auf Lebenszeit als Herausgeber aller deutschsprachigen Publikationen der Bewegung. Inspiriert von Sadr-ud-Din, konvertierte Marcus 1925 zum Islam, den er als rationalen Ausdruck des jüdischen Monotheismus erachtete. Unter dem muslimischen Namen Hamid avancierte er zum wichtigsten Deutschen in der Berliner Moscheengemeinschaft.

Marcus wurde 1924 Chefredakteur der Zeitschrift „Moslemische Revue“, in der er die meisten Artikel eines deutschen Autors veröffentlichte; seit 1930 fungierte er als Vorsitzender der Deutschen Muslimischen Gesellschaft, trat häufig als Dozent an deren monatlichen öffentlichen Islamabenden auf und gewann Bekannte aus Homosexuellen- und Literatenkreisen, u. a. Thomas Mann und Hermann Hesse (1877–1962), für die Teilnahme. Zeitgleich arbeitete er an einer Koranübersetzung, die 1939 erschien (Nachdrucke 1964, 2005).

Trotz seiner Konversion gab Marcus weder seine Mitgliedschaft in der jüdischen Gemeinde Berlin auf noch unterbrach er seine Verbindungen zu jüdischen Freunden und zu seiner Familie. Auch unterstützte er weiterhin publizistisch die Bewegung für die Rechte Homosexueller. 1925 gehörte er zu den Verfassern und Unterzeichnern einer Petition, die von Hirschfelds Institut für Sexualwissenschaft organisiert und an den Justizminister geschickt wurde, um die Aufhebung von § 175 StGB zu fordern, der Homosexualität unter Strafe stellte.

Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten erhielt Marcus 1933 Publikationsverbot und musste 1935 sein Amt als Vorsitzender der Deutschen Muslimischen Gesellschaft niederlegen. 1936 verließ er die jüdische Gemeinde in Berlin. In der Folge des Pogroms vom 9./10. November 1938 wurde er im KZ Sachsenhausen inhaftiert. Nach eigenen Aussagen erlangte er auf Vermittlung einer Delegation unter der Leitung seines Imams, Scheich Muhammad Abdullah (1898–1956), die Freilassung und erhielt ein Visum, um nach Britisch-Indien zum Ahmadi-Hauptquartier zu reisen. Marcus nutzte die Reisedokumente wenige Tage vor Kriegsbeginn, um nach Oberwil (Kt. Baselland) zu fliehen. Als staatenloser Flüchtling mit Arbeitsverbot belegt, studierte er hier von 1942 bis 1947 abermals Philosophie. Nachdem ihm 1947 ständiges Asyl gewährt und die Arbeitserlaubnis erteilt worden war, veröffentlichte er erneut philosophische Schriften. Zudem schrieb er unter dem Pseudonym „Hans Alienus“ (lateinisch: Hans der Fremde), mit dem er auf seinen Status als deutscher Exilant aufmerksam machen wollte, homoerotische Belletristik und Sachbücher – z. T. mit islamischer Thematik – sowie regelmäßige Beiträge für die in Zürich ansässige internationale Schwulenzeitschrift „Der Kreis“. 1953 wurde sein Antrag auf Anerkennung als Verfolgter des NS-Regimes bewilligt. Marcus erhielt Wiedergutmachungszahlungen und übersiedelte 1956 nach Basel.

Von Simmel und George beeinflusst, entwickelte Marcus rund um das Konzept des Monopluralismus eine originelle Naturphilosophie. Wichtiger als sein philosophisches Erbe erscheint aus heutiger Sicht seine Unterstützung Hirschfelds und Hillers im Kampf für die gesetzlichen Rechte homosexueller Menschen. Seine Belletristik veranschaulicht die Entstehung und Entwicklung einer spezifisch homosexuellen literarischen Ästhetik, die etwa von Thomas Mann von der Wende des 20. Jahrhunderts bis kurz vor dem Stonewall-Aufstand 1969 entfaltet wurde. Marcus‘ Aktivitäten zeigen darüber hinaus, wie der Islam in den 1920er und 1930er Jahren in Deutschland etabliert wurde, auch dank der Arbeit deutscher Konvertiten Jahrzehnte vor der Masseneinwanderung ausländischer Muslime. Seine spirituellen Schriften bieten heute die Bausteine für die Schaffung eines integrativen, liberalen deutschen Islam. Marcus gehörte zu den frühesten deutschen Schriftstellern, die Johann Wolfgang von Goethes (1749–1832) positive Ansichten zum Islam und die explizite Homoerotik und Erforschung der Liebe zwischen männlichen Freunden untersuchten.